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forked:PromoterCAD

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Below is a description of the PromoterCAD Application. 


Title: Synthetic Plant Promoter Design for dark-induced expression based on Arabidopsis gene AT4G02380

Name: Patrik D'haeseleer, Neil Bhatt, Cameron Clarke, Johan Sosa, Anitha Bodepudi, Geoff Ivison, Shashank Goel, Kyle Taylor

Affiliation: The BioCurious Bioluminescence and Plant Biology Community Project teams, biocurious.org

Date: 2013-02-22

Abstract

Our goal is to develop a dark-induced promoter, for use in the bioluminescent plant project at BioCurious. Arabidopsis gene AT4G02380 is the top gene returned by MotifCircadian at 12-16 hours (i.e., starting just after sunset) for several of the light-dark time series in the DIURNAL database (Mockler et al., 2007): COL_SD, LDHC, LER_SD, LIGHT5_znknOX, longday, and shortday. AT4G02380is overexpressed by more than ten-fold at night, ranging from an expression level around 1000 during the day, to over 11,000 at 20hr, in time series LDHC.


Predicted expression pattern

Dark-induced, and 20 hours

References

Mockler, T. C., Michael, T. P., Priest, H. D., Shen, R., Sullivan, C. M., Givan, S. a, McEntee, C., et al. (2007). The DIURNAL project: DIURNAL and circadian expression profiling, model-based pattern matching, and promoter analysis. Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology72, 353–63. doi:10.1101/sqb.2007.72.006


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jquery-ui-1.8.18.min.js
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http://code.highcharts.com/modules/exporting.js


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Fork元のアプリ GenoCon 's PromoterCAD
実行回数 177
ウェブサイト
ライセンス
Fork count 0
作成日 2013年2月23日
最終更新日 2013年2月23日

Fork元のアプリ

PromoterCAD 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月30日 1325 回実行
  • このアプリ作品で入力データとして使われているデータ作品のリストです。
  • チェックボックスの選択を変更すると、入力データを変更して実行することができます。
  • Circadian Coexpression (DIURNAL + ATTED-II promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月15日
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  • Tooltip information 作者: Koro_Nishikata 更新日: 2013年2月5日
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  • ATTED promoter sequence 作者: Koro_Nishikata 更新日: 2013年1月15日
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  • Application Plugins for Synthetic Promoter Design 作者: GenoCon 更新日: 2013年2月8日
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  • Developmental Coexpression (AtGenExpress + ATTED-II promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年3月6日
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  • Speedup Lists of Circadian Genomic (DIURNAL + PPDB promoter motif) Gene 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月15日
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  • PPDB promoter sequence 作者: Koro_Nishikata 更新日: 2013年1月17日
    221 ダウンロード
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  • Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月22日
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