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GenoCon2課題A PromoterCADシステム

こちらのサンプルプログラムは、GenoCon2課題AプロモータデザインチャレンジのPromoterCAD(コンピュータ支援プロモータ設計)プログラムです。


PromoterCADのあなたのワークスペースを作るためには、 "このアプリをForkして新しいアプリを作る"ボタンをクリックして下さい。 すると、あなたのプログラム作品を作成し、応募できる様になります。

プログラムを改変したり、モジュール関数をプラグインとして、PromoterCADに追加する事もできます。
詳細はこちらをご覧ください: http://genocon.org/ja/challenges/assignment-a/manuals-a/


ここにはGenoCon2 課題Aのタイトル例と要約の例を示します。レポートの例は、"ReadMe"タブ(アプリケーション枠内のグレーのタブ)の中を参考にしてください。デザインの重要なポイントを図示するなどして、デザインやプログラムのアイディアを説明してください。

タイトル:
植物のシロイヌナズナでホタルルシフェラーゼを組織/時期特異的に発現するためのプロモータの設計

要旨:

(言語は日本語か英語での提出となります)

GenoConPromoterCADは、コンピュータ支援でDNA設計を行うプログラムです。 このプログラムは植物の遺伝子と発現データを用いて、組織/時期特異的に遺伝子発現を調節する人工プロモータを創ります。 デザインした人工プロモータの実験検証は、シロイヌナズナの植物体内でホタルルシフェラーゼを用いて行います。 このプログラムではグラフィカルなインターフェース(GUI)を提供していますので、 一連のメニュー選択とボタン操作を行うことで、どなたでもプロモータをデザインできます。 プログラムはJavaScriptで書かれていますので、簡単にカスタマイズできます。

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アプリケーション


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Below is a description of the GenoCon CAD Application. For the GenoCon2 Promoter Design Challenge, you should replace this with a report of your promoter design.


以下にはGenoCon2課題A PromoterCADシステムについての説明が書かれています。GenoCon2のプロモータデザインチャレンジでは、以下にあなたのプロモータデザインのレポートを書いてください。


Title: Plant Promoter Design for Tissue/Time Specific Expression of Firefly Luciferase in Arabidopsis Plant Body

Name: RIKEN GenoCon

Affiliation: RIKEN The Institute of Physical and Chemical Research

Date: 2012-10-17

Abstract

GenoConPromoterCAD is a DNA computer aided design (CAD) program which uses plant gene sequence and expression data to create synthetic promoters for tissue and time specific expression. The experimental test of such synthetic promoters will be to measure firefly Luciferase in Arabidopsis plant body. The program provides a graphical user interface (GUI), so anyone can design promoters using options in a series of select menus and push buttons. The program is written in JavaScript, on an open platform that allows for easy user customization. 


The program provides several plugin functions for promoter designs MotifMaxExpress function, MotifMinExpress function, and MotifMaxCircadian function, as well as HighChart function for graph visualization of expression data. MotifMaxExpress function picks up the sequence motifs from the gene with maximum expression in a specific developmental condition. MotifMinExpress function picks up the motifs with minimum expression in a specific developmental condition. MotifMaxCircadian function picks up the motifs with maximum circadian amplitude. HighChart function provides graph visualization of expression data under experimental conditions (AtGenExpress) and time evolution of expression under circadian conditions (DIURNAL). Programmer participants can fork and add to these functions for the GenoCon2 Special Programming Challenge A.



タイトル:植物のシロイヌナズナでホタルルシフェラーゼを組織/時期特異的に発現するためのプロモータの設計

名前: 理研 ゲノコン

所属: 独立行政法人 理化学研究所

日付: 2012-10-17

日本語要旨

GenoConPromoterCADは、コンピュータ支援でDNA設計を行うプログラムです。 このプログラムは植物の遺伝子と発現データを用いて、組織/時期特異的に遺伝子発現を調節する人工プロモータを創ります。 デザインした人工プロモータの実験検証は、シロイヌナズナの植物体内でホタルルシフェラーゼを用いて行います。 このプログラムではグラフィカルなインターフェース(GUI)を提供していますので、 一連のメニュー選択とボタン操作を行うことで、どなたでもプロモータをデザインできます。 プログラムはJavaScriptで書かれていますので、簡単にカスタマイズできます。


このプログラムでは、プロモータデザインのためのプラグイン関数 MotifMaxExpress, MotifMaxExpress, MotifMaxCircadian と、発現データをグラフ表示する HighChart 関数を提供しています。 MotifMaxExpress 関数は、特定の成長条件で発現量を最大にする遺伝子に関連したモチーフ配列を見つけ出します。 MotifMaxExpress 関数は、特定の成長条件で発現量を最小にするモチーフを見つけ出します。 MotifMaxCircadian 関数は、概日振動の振幅を最大にするモチーフを見つけ出します。 HighChart 関数は、AtGenExpressの様々な成長条件における発現データをグラフ表示します。 また、DIURNALの概日条件における発現値の時間変化をグラフ表示します。 プログラムが得意な方は、これらのプラグイン関数をコピー(fork)して、新たな関数を作り出すことができます。 (詳細は、課題A スペシャルプログラミングチャレンジを参照してください。)


jquery-1.7.1.min.js
jquery-ui-1.8.18.min.js
http://code.highcharts.com/highcharts.js
http://code.highcharts.com/modules/exporting.js


作者 メッセージ送信
実行回数 1272
ウェブサイト
ライセンス
Fork count 2
作成日 2012年10月9日
最終更新日 2012年12月20日

Forkして作られたアプリ

新開発プラグインMotifRankingによる、稔性を考慮したプロモーター設計 作者: Masahiro Mochizuki 更新日: 2012年12月27日 424 回実行
forked:GenoConPromoterCAD 作者: Koro_Nishikata 更新日: 2012年11月26日 105 回実行
  • このアプリ作品で入力データとして使われているデータ作品のリストです。
  • チェックボックスの選択を変更すると、入力データを変更して実行することができます。
  • Circadian Coexpression (DIURNAL + ATTED-II promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月15日
    2428 ダウンロード
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  • Circadian Genomic (DIURNAL + PPDB promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月15日
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  • Developmental Coexpression (AtGenExpress + ATTED-II promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年3月6日
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  • GenoCon2 Challenge A - Sequence Function Plugins 作者: GenoCon 更新日: 2012年11月26日
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  • Speedup Lists of Circadian Genomic (DIURNAL + PPDB promoter motif) Gene 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月15日
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  • Developmental Genomic (AtGenExpress + PPDB promoter motif) Full 作者: GenoCon 更新日: 2013年1月22日
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